Sau khi giải nghệ Netzer đã được đề cử làm giám đốc điều hành của Hamburger SV.[1][3] Chủ tịch khi đó của HSV, Paul Benthien, đã đồng ý cho Netzer toàn quyền điều hành đội bóng.[3] Netzer đã có 8 năm rất thành công với Hamburg, khi kí hợp đồng với Huấn luyện viên người Áo Ernst Happel và trước đó là Branko Zebec, với 3 chức vô địch Bundesliga năm (1979, 1982, 1983).[3] Năm 1983, Hamburg vô địch Cúp C1 Châu Âu (tiền thân của UEFA Champions League). Dưới sự dẫn dắt của Ernst Happel cùng những ngôi sao trong đội hình gồm Horst Hrubesch, Felix Magath and Manfred Kaltz, Hamburg đã dành chiến thắng 1-0 trước Juventus của Michel Platini và Zbigniew Boniek. Thời gian Günter Netzer làm việc tại Hamburg cũng là thời kì thành công nhất của câu lạc bộ này.[1]